Nikolaus H. Schües, Sohn von Nikolaus W. Schües, tritt im Jahre 1993 in die Firma ein. Die Deutsche Seereederei Rostock (DSR), die Staatsreederei der ehemaligen DDR, wird im Jahre 1993 privatisiert und an die Hamburger Kaufleute Horst Rahe, einen langjährigen Geschäftsfreund des Hauses, und Nikolaus W. Schües verkauft. Die Schiffe der Deutschen Seereederei (mit Ausnahme der Kreuzfahrtschiffe) und der F. Laeisz Schiffahrtsgesellschaft, werden in der Reederei F. Laeisz zusammengeführt. Mit diesem Schritt wird der Name F. LAEISZ wieder an die Spitze der europäischen Reedereien gebracht.
Gemeinsam mit Partnern wird im Jahre 1995 die Hamburgische Seehandlung gegründet, um solide Schifffsfinanzierung der Laeisz-Gruppe am Kapitalmarkt anbieten zu können.
Martini Chartering wird gegründet und entwickelt sich zu einem führenden Maklerhaus für Containertonnage.
Die Familie Schües übernimmt wieder alleinig sämtliche Gesellschaftsanteile der Reederei F. Laeisz mit einer Flotte von über 40 modernen Containerschiffen, Bulkcarriern, Reefern und Fährschiffen. Das Forschungsschiff „POLARSTERN“ wird für die Bundesrepublik Deutschland, vertreten durch das ALFRED-WEGENER-INSTITUT in Bremerhaven, bereedert.
Die beiden Geschäftsführenden Gesellschafter der Reederei F. Laeisz, Nikolaus W. Schües und Nikolaus H. Schües, erwerben von den Erben der offenen Handelsgesellschaft in Firma F. Laeisz deren sämtliche Gesellschaftsanteile mit allen Rechten , die sich aus der reichen Historie der „Flying-P-Line“ ergeben. Damit schließt sich nach 20 Jahren der Kreis dieser Zwischenetappe in der langen Firmengeschichte von F. Laeisz.
Das Produktportfolio der Hamburgischen Seehandlung, deren Anteile inzwischen zu 90% von der F. Laeisz Gruppe gehalten werden, wird auf erneuerbare Energien erweitert. Zu diesem Zweck wird die Hamburgische Energiehandlung gegründet.
Die weltweite Banken- und Schifffahrtskrise, die im September 2008 begann, zeigt ihre Spuren auch in der Flotte der Reederei F. Laeisz. Aber durch den Flottenmix, Car Carrier werden als neues Segment aufgebaut, und durch das konservative Auftragsvolumen, im 3. Quartal 2011 stehen nur noch 4 Neubauten zur Ablieferung an, übersteht die Reederei den Sturm.